Возрождению обители предшествовало создание в 1990 году Влахернской православной общины. Прошел первый сход, собравший около трехсот жителей, из числа которых были выбраны актив и староста. Старостой была назначена Мария Петровна Денисова. Позднее это решение собрания утвердили в Епархии. Избранный актив стал хлопотать об открытии в Деденеве церкви. Первые богослужения проходили в бывшем помещении поселковой аптеки (прим: до революции это была иконописная мастерская монастыря, а в наши дни, в восстановленном монастыре – сестринский корпус). Но и это помещение православным отдали не сразу. Непосредственные участники тех событий так вспоминали об этом периоде: «Аптека оставила его в очень плачевном состоянии, но с миру по нитке народ собрал средства и утварь для его восстановления и проведения служб. Канал им Москвы (Петр Петрович Кувшинов) сделал ремонт, строители из Внуково – электрику, окна, иконостас, престол. Фабрика искусственного меха (Ольга Михайловна Лукьянова) дала материал. Одним из первых откликнулся на призыв о помощи житель поселка Андрей Васильевич Болтонов – помог деньгами, транспортом. Ангелина Николаевна Евреинова сшила накидки и привезла из Москвы утварь. Ирина Михайловна Сперанская и Зинаида Буслаева ходили по людям, просили помощи, продавали книги, иконы, в общем, занимались сбором средств. Когда уже проходили службы, Ирина Михайловна стала регентом церковного хора (по образованию она дирижер-хормейстер). А прихожанка монастыря Любовь Залозная занималась собиранием камней в прямом смысле этой фразы. Мусора – кирпичей, обломков зданий на территории монастыря было очень много. И раба Божия Любовь выносила этот мусор на носилках наравне с мужчинами. Она и теперь помогает монастырю, трудится во славу Божию. На протяжении многих лет посильную помощь оказывал деденевский предприниматель Николай Андреевич Аничкин.
Дело спорилось. Но на обустройство храма обязательно надо было взять благословение – за ним Мария Петровна Денисова, по совету Епархии, поехала к владыке Филарету в Сергиев Посад. И оно было получено: «Хорошо, что взялись за это дело» – сказал владыка. Была у нее и долгая беседа с Митрополитом Крутицким и Коломенским Ювеналием. Он благословил и утешил, – Бог поможет!»

И понемногу все стало устраиваться. По благословению настоятеля храма Вознесения Господня (в Перемилове) отца Анатолия монах Хотьковского монастыря Иова написал для Деденева икону Божией Матери «Влахернская», копию той, что была сделана в иконописной мастерской Головиных.

В 1998 году на средства жителей был восстановлен храм во имя иконы Божией Матери «Нечаянная Радость».

А в конце 2000 года по благословению Митрополита Крутицкого и Коломенского Ювеналия в пока еще разрушенной обители появились первые насельницы. 20 апреля 2001 года совершилось торжественное открытие Спасо-Влахернского женского монастыря. Начался новый этап в истории.

Однажды, когда монастырь стоял еще в руинах, его посетила Людмила Александровна Путина в сопровождении главы поселка Светланы Николаевны Тягачевой. Надо восстанавливать, – сказала Людмила Александровна, глядя на развалины Спасского собора. При поддержке Светланы Тягачевой, ее семьи и очень многих других неравнодушных людей обитель стала восстанавливаться. За десять с лишним лет ее территория изменилась до не узнаваемости.

Был отстроен заново и освящен храм святого великомученика Димитрия Солунского, полностью воссоздан собор Спаса Нерукотворного и двухэтажный трапезный корпус.

В здании бывшей просфорной обустроили двухэтажную Воскресную школу – с четырьмя учебными классами, залом, трапезной и санитарными комнатами. Строительство школы проходило попечением Валерия Александровича Тимофеева и Елены Валерьевны Цыганковой. Сегодня в ней занимаются дети разных возрастов.

В 2002 году в качестве подворья монастырю был передан храм Покрова Пресвятой Богородицы, расположенный в селе Ново-Карцево. Покровская церковь была построена в 1631 году (это был деревянный храм), а в 1720 году на его месте был выстроен каменный. После революции и во время войны он уцелел, вернее, его стены, которые использовались в качестве склада под химикаты. Стараниями жителей Ново-Карцева церковь была восстановлена. Александр Юрьевич Суздальский выкупил (у частных владельцев) прилежащие к храму постройки в пользу монастыря и помог с изготовлением и установкой каменного иконостаса, внес значительную лепту в реставрацию храма и благоустройство прилегающей к нему территорией.

12 сентября 2003 года Спасо-Влахернский женский монастырь посетил Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II. Он осмотрел вновь выстроенный храм великомученика Димитрия Солунского.

29 августа 2009 года, в престольный праздник монастыря, храм был освящен Епископом Серпуховским Романом.
В этом же году в главном приделе Собора Спаса Нерукотворного был завершен и установлен резной деревянный иконостас (основа), изготовленный мастерской Азбухановых.
К 2014 году завершились основное строительство, роспись и подготовка к освящению Спасского собора.

22 апреля 2014 года состоялся великий чин освящения восьми его приделов. Богослужение возглавил митрополит Крутицкий и Коломенский высокопреосвященнейший Ювеналий.
31 января 2015 года вернулась в обитель Чудотворная Икона Божией Матери «Влахернская».
Это лишь некоторые, из дошедших до наших дней, события летописи монастыря и воспоминания очевидцев.